孤立的酵母(树屋):如何识别和表征?

homebrewtalk.com  - 啤酒,葡萄酒,米德,&苹果酒酿造讨论社区。

帮助支持Homebreew:

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
长期潜伏,终于决定富有成效,加入社区。

所以我是亚博游戏平台网址生物化学师/结构生物学家(细菌发病机制),我喜欢制作/饮用IPAS(售后2年以上2年)。

我正在喝着一群朱利叶斯与我的伙计们,我们决定我们弄清楚他们使用的酵母。所以我收获了渣滓,让它们越来越多,然后镀出串口稀释液进行隔离(所示单板):



Using a PCR method (//suigenerisbrewing.blogspot....howComment=1490284392639#c8540474511060838192),我能够放大其区域(http://sites.biology.duke.edu/fungi/mycolab/primers.htm)这个酵母(我的乐队是〜800 bp):



然后我测序扩增子,并使用爆炸(//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)寻找类似的沉积序列。我认为这是我遇到了墙壁的地方,因为我回来的最佳点击只有〜89%相同(他们是S. Cerevisiae)。去年白人实验室(和其他人)发表了亚博游戏平台网址非常酷的论文(http://www.cell.com/action/showMethods?pii=S0092-8674(16)31071-6)它们的全部基因组测序157次酿酒酵母酵母。这些序列被沉积,但我认为我的爆炸​​搜索是由于某种原因而失踪的。

无论如何,我正在继续表征这酵母的表型侧。任何人都可以建议实验(实验室侧或发酵)更加讨论这种孤立吗?我在接下来的几周里有亚博游戏平台网址会议NE IPA,可以更新一次完成。
 

Xerotime.

众所周知的成员
加入
2008年8月30日
消息
137
反应得分
2
地点
赤褐色
我被认为是树房酵母可能是2种不同菌株的混合。这可能是你遇到麻烦的原因吗?所有这些较新的小酵母实验室(Giga,Yeast Bay等)似乎奇怪的是,没有人这样的销售就像用柯南那样出售。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
我唯一的坚持认为他们使用酵母混合物来发酵是(似乎)的时间(似乎)真的很难保持随着时间的推移。我期望增长率随着时间的推移而掉下比率并导致不同的发酵/味道/等型材。更有可能(在我的脑海中)的东西是他们正在使用两个菌株的遗传交叉,类似于柯南X WLP644菌株(这里讨论 //www.ehvsm.com/showthread.php?t=577066)。

这并没有解释为什么,如上所述,没有任何尝试通过商业酵母实验室销售这种压力。我见过HBT和其他人的博客网站,从罐头培养酵母的其他博客网站。虽然,我没有测试单个酵母殖民地的遗传多样性。

我的识别问题是我无法访问正确的数据库(我认为)。我已联系了一些公司为专业酿酒商进行合同工作,但费用不值得这项信息(200美元)。虽然我讨厌等待信息,但这种情况下最好的课程是做一些分裂批次,并比较我收获的酵母,我收获了Wy1318,柯南等。
 

Thehairyhop.

众所周知的成员
终身支持者
加入
2013年1月15日
消息
1,004
反应得分
221
地点
博尔德
我唯一的坚持认为他们使用酵母混合物来发酵是(似乎)的时间(似乎)真的很难保持随着时间的推移。我期望增长率随着时间的推移而掉下比率并导致不同的发酵/味道/等型材。更有可能(在我的脑海中)的东西是他们正在使用两个菌株的遗传交叉,类似于柯南X WLP644菌株(这里讨论 //www.ehvsm.com/showthread.php?t=577066)。

这并没有解释为什么,如上所述,没有任何尝试通过商业酵母实验室销售这种压力。我见过HBT和其他人的博客网站,从罐头培养酵母的其他博客网站。虽然,我没有测试单个酵母殖民地的遗传多样性。

我的识别问题是我无法访问正确的数据库(我认为)。我已联系了一些公司为专业酿酒商进行合同工作,但费用不值得这项信息(200美元)。虽然我讨厌等待信息,但这种情况下最好的课程是做一些分裂批次,并比较我收获的酵母,我收获了Wy1318,柯南等。
我不认为这是亚博游戏平台网址混合动力车。树房子从真正谦逊的开始开始,他们真的已经渗透了同样的啤酒。我认为,如果是保证,你可以找到足够的人为200美元的筹码。我当然会成为其中之一
 

squgork.

众所周知的成员
加入
2011年2月26日
消息
92
反应得分
117
地点
芬兰赫尔辛基
不幸的是,您将无法使用其顺序进行任何应变级别识别;它只适用于物种级别识别。如果您愿意共享序列,我有亚博游戏平台网址本地爆炸数据库,其中包含您链接到的细胞纸的157个全基因组序列,并可以使用您的顺序搜索。但正如我所提到的那样,我不会基于其序列相信应变级鉴定(菌株之间的几乎变化,更重要的是,它只是基因组中的亚博游戏平台网址小单个区域。例如,例如细胞纸中的菌株,许多相同序列,但属于不同的片状)。

相反,您可以尝试interdelta引物或RAPD引物:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/S0378-1097(03)00205-2/full

然后,您可以将隔离物的电泳带突与从某些不同的控制菌株获​​得(例如WLP001,WY1318,Conan等)进行比较。这应该让你更好地了解其最亲近的亲戚。如果可能的话,包括尽可能多的控制菌株。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
不幸的是,您将无法使用其顺序进行任何应变级别识别;它只适用于物种级别识别。如果您愿意共享序列,我有亚博游戏平台网址本地爆炸数据库,其中包含您链接到的细胞纸的157个全基因组序列,并可以使用您的顺序搜索。但正如我所提到的那样,我不会基于其序列相信应变级鉴定(菌株之间的几乎变化,更重要的是,它只是基因组中的亚博游戏平台网址小单个区域。例如,例如细胞纸中的菌株,许多相同序列,但属于不同的片状)。

相反,您可以尝试interdelta引物或RAPD引物:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1016/S0378-1097(03)00205-2/full

然后,您可以将隔离物的电泳带突与从某些不同的控制菌株获​​得(例如WLP001,WY1318,Conan等)进行比较。这应该让你更好地了解其最亲近的亲戚。如果可能的话,包括尽可能多的控制菌株。
通过链接到WLP644 x Conan Thread的博客文章,我实际上只是在阅读/下午我们提供电子邮件/下午。

我有delta12和delta 21底漆命令,明天应该到达。我有以下菌株使用此PCR方法进行测试:

WY1056
WY1272
WY1318
WY1332
WY1968
WY3944
WLP802
酵母湾佛蒙特阿雷
WLP670(孤立的每种菌株,亚博游戏平台网址扫锡和亚博游戏平台网址Brett)
朱利叶斯·孤立

如果我记得你所引用的纸张正确,那么没有任何东西应该用Brett菌株放大,正确?

一旦我有凝胶形象,你有兴趣帮助解释结果Suregork吗?
 
Last edited:
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
在没有序列或参数的情况下,我无法帮助爆炸结果,但我会推荐UCSC尝试博客。我认为他们有亚博游戏平台网址微生物版。

There is also
http://www.yeastgenome.org/blast-sgd

看起来他们使用wublast。
正如我现在所知,我最初放大和测序的DNA的延伸才可用于识别,而不是在SACC中的鉴定。我正在向DNA指纹识别的新技术(对我)(通过Suregork看到帖子)。希望在下周或以便分析一些东西。

有了这么说的,我回去了,看着DNA色谱图一下更近的,并且存在可疑的重叠峰值。通常,这意味着在测序的样本中意味着异质性,但我真的不确定这一点。 PCR我有亚博游戏平台网址明确的单频带(第一篇文章中的图像)。我是亚博游戏平台网址细菌的家伙,而不是酵母生物学家,所以再次确定为什么会发生这种情况。

当我明天回来工作时,我会发布DNA序列,并可以将DNA峰值文件发送给想要看待它的任何人。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
更新:

10株Sacc被击退:



然后,我从每个板上选择亚博游戏平台网址殖民地,在30℃下将酵母加入ypd 24小时并收获基因组DNA。光谱分析表明它比较纯净,没有蛋白质污染:



下周我将从DNA指纹方法开始并报告。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
我很乐意帮忙!我建议使用更高的琼脂糖浓度(例如2.5%)来帮助分离较小的带。
我必须承认,我差点放弃了PCR工作,但今天是亚博游戏平台网址美好的一天(这是星期五毕竟)!

我用纸上偶然发现了这种技术(//link.springer.com/article/10.1007/s10295-010-0837-z)当我故障排除时,而不是尝试将DNA与酵母文化隔离,您需要做的就是:
1.)选择亚博游戏平台网址殖民地(我怀疑你也可以从液体文化中脱脂酵母很少)
2.)将其放入Eppendorf管中的无菌水中,关闭盖帽
3.)微波炉高5分钟
4.)在PCR中使用1uL此混合物



应变键如下:
1 - WY1056
2 - WY1272
3 - WY1332
4 - WY1318(这种文化不喜欢YPD媒体,因为某种原因非常好)
5 - WY1968
6 - WLP670(Saison隔离)
7 - WLP802
8 - Julius isolate
9 - yeastbay佛蒙特阿雷
10 - WY3944

Squgork,我正在努力提高这幅图像的质量。使用较少的DNA染料(凝胶顶部和底部的白色带),更多的样品(这里15μl,但可以在较大的凝胶上加载50μl),为车道2和3等获得更好的带。

唯一真正跳出我的是Wy1968和佛蒙特艾勒(阿卡柯南)几乎相同的绷带图案!任何与当前图像的想法?
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
我忘了补充一点,朱利叶树孤立肯定是独一无二的,通过这个DNA指纹识别方法!

所以,这真的意味着我需要 更多的 酵母样本要分析,我正在寻找通过邮政服务邮寄样本的简单方法(只花费邮票!),如果有人有建议,并且有兴趣发送酵母,请让我知道!!
 
加入
2017年1月17日
消息
260
反应得分
112
底始终喜欢酿造Moreso的生物学方面,而不是似乎涵盖几乎所有户外自主的化学或工程。迫不及待地想看看你发现了什么
 

Thehairyhop.

众所周知的成员
终身支持者
加入
2013年1月15日
消息
1,004
反应得分
221
地点
博尔德
我必须承认,我差点放弃了PCR工作,但今天是亚博游戏平台网址美好的一天(这是星期五毕竟)!

我用纸上偶然发现了这种技术(//link.springer.com/article/10.1007/s10295-010-0837-z)当我故障排除时,而不是尝试将DNA与酵母文化隔离,您需要做的就是:
1.)选择亚博游戏平台网址殖民地(我怀疑你也可以从液体文化中脱脂酵母很少)
2.)将其放入Eppendorf管中的无菌水中,关闭盖帽
3.)微波炉高5分钟
4.)在PCR中使用1uL此混合物



应变键如下:
1 - WY1056
2 - WY1272
3 - WY1332
4 - WY1318(这种文化不喜欢YPD媒体,因为某种原因非常好)
5 - WY1968
6 - WLP670(Saison隔离)
7 - WLP802
8 - Julius isolate
9 - yeastbay佛蒙特阿雷
10 - WY3944

Squgork,我正在努力提高这幅图像的质量。使用较少的DNA染料(凝胶顶部和底部的白色带),更多的样品(这里15μl,但可以在较大的凝胶上加载50μl),为车道2和3等获得更好的带。

唯一真正跳出我的是Wy1968和佛蒙特艾勒(阿卡柯南)几乎相同的绷带图案!任何与当前图像的想法?
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
不是我已经尝试过,但我已经阅读了关于邮件酵母样本的SUI Generis博客上的以下内容。

邮寄酵母

新邮箱系统
因为我非常喜欢他的博客,我应该想到这一点。

如果有人有兴趣(能够有能力),我比愿意向您封信为您提供拍摄的纸张,以发现酵母并邮寄给我。如果您在上面的列表中有多个衡量,请发送PM,并且有兴趣交换。我很乐意发送我可以访问的东西。
 

squgork.

众所周知的成员
加入
2011年2月26日
消息
92
反应得分
117
地点
芬兰赫尔辛基
我必须承认,我差点放弃了PCR工作,但今天是亚博游戏平台网址美好的一天(这是星期五毕竟)!

我用纸上偶然发现了这种技术(//link.springer.com/article/10.1007/s10295-010-0837-z)当我故障排除时,而不是尝试将DNA与酵母文化隔离,您需要做的就是:
1.)选择亚博游戏平台网址殖民地(我怀疑你也可以从液体文化中脱脂酵母很少)
2.)将其放入Eppendorf管中的无菌水中,关闭盖帽
3.)微波炉高5分钟
4.)在PCR中使用1uL此混合物



应变键如下:
1 - WY1056
2 - WY1272
3 - WY1332
4 - WY1318(这种文化不喜欢YPD媒体,因为某种原因非常好)
5 - WY1968
6 - WLP670(Saison隔离)
7 - WLP802
8 - Julius isolate
9 - yeastbay佛蒙特阿雷
10 - WY3944

Squgork,我正在努力提高这幅图像的质量。使用较少的DNA染料(凝胶顶部和底部的白色带),更多的样品(这里15μl,但可以在较大的凝胶上加载50μl),为车道2和3等获得更好的带。

唯一真正跳出我的是Wy1968和佛蒙特艾勒(阿卡柯南)几乎相同的绷带图案!任何与当前图像的想法?
将仔细看看明天,但基于快速浏览它似乎似乎您的孤立与您所包括的其他菌株不同,并且Wy1056是最接近的相对。有趣的是,佛蒙特艾勒和威力联系似乎密切相关 :)
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
使用孤立的Julius酵母进行首次测试。使用相同的食谱(尽管有一周的一周,所以在下面的感觉分析中的警告),并且用Wy1318发酵一批,而另一批在此处描述的Julius分离物。



左边是wy1318,右边是朱利叶斯(从当天早些时候填写的咆哮者倾倒,否则他们有类似的头部保留)。我愚蠢地没有均匀地填满眼镜,但颜色和阴霾看起来几乎与我的眼睛相同。两个啤酒都有相同的OG(1.058)和几乎相同的FG(对于WY1318和Julius隔离的1.015和1.014)分别在156 F中捣碎。如果我为WY1318捣碎(151 F),它通常会弄清楚太多(1.010-1.012系列)为我的品味用这个配方(h / t braufessor)。

我对味道描述符很糟糕,但我会说两只啤酒之间的最大差异在口感和啤酒花烧,朱利叶斯·孤立"beating"WY1318在这两个类别中。我无法检测到任何真正的风味差异,但两者都有典型的石头水果票据。我用柯南(酵母湾)尝试过这个食谱,并在头部举行的头部首选WY1318,FYI。

将这些观察结果结合在一起的事实是,它不会像WY1318这样的发酵箱/跳袋(该死的你裁剪衣服),我肯定会再次使用它。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
将仔细看看明天,但基于快速浏览它似乎似乎您的孤立与您所包括的其他菌株不同,并且Wy1056是最接近的相对。有趣的是,佛蒙特艾勒和威力联系似乎密切相关 :)
谢谢!我非常感谢您的意见。

我认为我认为提供的新凝胶(潜在的)更多的洞察力。我使用了在文献中报道的两对不同的底漆对,Delta12-Delta2(左凝胶)和Delta12-Delta21(右凝胶):



由于添加了第11次酵母(从树屋双击)的添加,因此菌株与之前的顺序相同。
 
加入
2012年9月2日
消息
1,337
反应得分
462
地点
伍德里亚
这很酷。我在大学做了生物学,虽然我从未在该领域工作过。男人,准备丙烯酰胺凝胶是如此的皮塔饼。我希望这几天更容易。

期待更多!
 

Biobrewer.

众所周知的成员
加入
2012年1月16日
消息
349
反应得分
115
地点
波特兰
将仔细看看明天,但基于快速浏览它似乎似乎您的孤立与您所包括的其他菌株不同,并且Wy1056是最接近的相对。有趣的是,佛蒙特艾勒和威力联系似乎密切相关 :)
没有出现的 佛蒙特阿莱 似乎 WY1968 在DNA序列的水平上作为我们用于隔离佛蒙特阿勒的源材料,使用最引人的rumed以最初拥有英国起源。我会说这是相似之处开始和结束的地方! WY1968是一种较低的衰减器,高絮凝剂,产生体积的二乙酰基,具有果味但受限制的酯谱。佛蒙特阿莱是一种更高的衰减器(通常约80%),低絮凝剂,在任何明显的数量中不产生二乙酰,并且具有桃子/杏子的大规模酯简档。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
Unsurprised that 佛蒙特阿莱 似乎 WY1968 在DNA序列的水平上作为我们用于隔离佛蒙特阿勒的源材料,使用最引人的rumed以最初拥有英国起源。我会说这是相似之处开始和结束的地方! WY1968是一种较低的衰减器,高絮凝剂,产生体积的二乙酰基,具有果味但受限制的酯谱。佛蒙特阿莱是一种更高的衰减器(通常约80%),低絮凝剂,在任何明显的数量中不产生二乙酰,并且具有桃子/杏子的大规模酯简档。
感谢您的评论!我认为这有点泛化只是说两只来自U.k.,所以它们是相似的,但是这一点是拍摄的。如果我可以掌握一些人,我想分析其他英国菌株。它仍然非常有趣(对我来说至少),它们是如此不同的表型似乎似乎分享了很多DNA相似之处。

既然你准确地说要问,为什么我们没有看到来自树屋产品的商业孤立?酵母看起来与已知的NE IPA酵母不同,并且有利地进行(n = 1)。我意识到你可能不想要(或被允许)回答这个问题,但我想我一直都在问。
 

Biobrewer.

众所周知的成员
加入
2012年1月16日
消息
349
反应得分
115
地点
波特兰
感谢您的评论!我认为这有点泛化只是说两只来自U.k.,所以它们是相似的,但是这一点是拍摄的。如果我可以掌握一些人,我想分析其他英国菌株。它仍然非常有趣(对我来说至少),它们是如此不同的表型似乎似乎分享了很多DNA相似之处。



既然你准确地说要问,为什么我们没有看到来自树屋产品的商业孤立?酵母看起来与已知的NE IPA酵母不同,并且有利地进行(n = 1)。我意识到你可能不想要(或被允许)回答这个问题,但我想我一直都在问。

我的假设是他们可能已经从亚博游戏平台网址共同的血统中分支,最近不是没有。不能真正与他人的孤立努力交谈,我并不是说我们隔离这种应变,但我们目前正在分离类似的新菌株。刚刚在酵母湾Facebook页面上发布:

"一切都回到了在线商店!此外,Brettanomyces Bruxellensis - 菌株Tyb261将不久可用,我们将在下周发布库存。

我们还在作品中还有另亚博游戏平台网址测试版甚至没有分配TYB号码。我们只是划出了源材料,很高兴能够表征我们选择的许多孤立障碍。这座房屋酵母,从美国东北部的另亚博游戏平台网址啤酒厂隔离,虽然酯型概况不太桃子/杏子驱动,但更为与柑橘/菠萝/芒果/番石榴相似,但虽然佛蒙特·梅尔·塞尔·菌力等待着。让你的眼睛剥离更新,我们希望通过这种应变的隔离和表征来实现,并在5月中旬的商业酿酒商和家庭布鲁人中可用。

干杯!"
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
我的假设是他们可能已经从亚博游戏平台网址共同的血统中分支,最近不是没有。不能真正与他人的孤立努力交谈,我并不是说我们隔离这种应变,但我们目前正在分离类似的新菌株。刚刚在酵母湾Facebook页面上发布:

"一切都回到了在线商店!此外,Brettanomyces Bruxellensis - 菌株Tyb261将不久可用,我们将在下周发布库存。

我们还在作品中还有另亚博游戏平台网址测试版甚至没有分配TYB号码。我们只是划出了源材料,很高兴能够表征我们选择的许多孤立障碍。这座房屋酵母,从美国东北部的另亚博游戏平台网址啤酒厂隔离,虽然酯型概况不太桃子/杏子驱动,但更为与柑橘/菠萝/芒果/番石榴相似,但虽然佛蒙特·梅尔·塞尔·菌力等待着。让你的眼睛剥离更新,我们希望通过这种应变的隔离和表征来实现,并在5月中旬的商业酿酒商和家庭布鲁人中可用。

Cheers!"
很酷!我期待着拿起亚博游戏平台网址小瓶。
 

Warthaug.

众所周知的成员
加入
2011年4月8日
消息
616
反应得分
174
一如既往,我迟到了。我是Sui Generis Brewing的Bryan,这已经引用了一点。无论如何,有些回复了一些以前的帖子......

Using a PCR method (//suigenerisbrewing.blogspot....howComment=1490284392639#c8540474511060838192),我能够放大其区域(http://sites.biology.duke.edu/fungi/mycolab/primers.htm)这种酵母(我的乐队是〜800 bp)......我然后测量扩增子,并使用爆炸(//blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)寻找类似的沉积序列。我认为这是我遇到了墙壁的地方,因为我回来的最佳点击只有〜89%相同(他们是S. Cerevisiae)。
有了这么说的,我回去了,看着DNA色谱图一下更近的,并且存在可疑的重叠峰值。
其序列89%同源性非常低;我通常会看到99-100%的酵母同源性。您是否修剪了序列以删除已解决不良的基地(通常是Chromatagram / Sequence文件中的“N”)?混合峰可能是污染的迹象,但假设有两个菌株和两个菌株是 S. Derevesea,它不重要,因为它的序列在物种之间很好地保守。不幸的是,它的尺寸也不是亚博游戏平台网址有用的措施,就像任何真核生物(包括你自己)都会产生〜800bp的乐队。作为Surgork已提及,您无法使用其与其他方法进行回复。三角洲是常态,但正如您已经经历过的那样,它需要与其他指纹数据库进行比较,以id为应变。

Unsurprised that 佛蒙特阿莱 似乎 WY1968 在DNA序列的水平上作为我们用于隔离佛蒙特阿勒的源材料,使用最引人的rumed以最初拥有英国起源。我会说这是相似之处开始和结束的地方! WY1968是一种较低的衰减器,高絮凝剂,产生体积的二乙酰基,具有果味但受限制的酯谱。佛蒙特阿莱是一种更高的衰减器(通常约80%),低絮凝剂,在任何明显的数量中不产生二乙酰,并且具有桃子/杏子的大规模酯简档。
这是为什么甚至interdelta只有适度值的亚博游戏平台网址很好的例子。它不需要改变酵母的酯型或絮凝(并且因此衰减)特征,在那里有许多例子突变实际上。 interdelta可以让你遵循酵母的父母,但可以是一些应变的变化"below detection"甚至这种方法。完全基因组测序是关于达到该水平的唯一方法,但仍然有点超出家用啤酒厂的实用。

Just my $0.02

Bryan
 

Biobrewer.

众所周知的成员
加入
2012年1月16日
消息
349
反应得分
115
地点
波特兰
一如既往,我迟到了。我是Sui Generis Brewing的Bryan,这已经引用了一点。无论如何,有些回复了一些以前的帖子......




其序列89%同源性非常低;我通常会看到99-100%的酵母同源性。您是否修剪了序列以删除已解决不良的基地(通常是Chromatagram / Sequence文件中的“N”)?混合峰可能是污染的迹象,但假设有两个菌株和两个菌株是 S. Derevesea,它不重要,因为它的序列在物种之间很好地保守。不幸的是,它的尺寸也不是亚博游戏平台网址有用的措施,就像任何真核生物(包括你自己)都会产生〜800bp的乐队。作为Surgork已提及,您无法使用其与其他方法进行回复。三角洲是常态,但正如您已经经历过的那样,它需要与其他指纹数据库进行比较,以id为应变。



这是为什么甚至interdelta只有适度值的亚博游戏平台网址很好的例子。它不需要改变酵母的酯型或絮凝(并且因此衰减)特征,在那里有许多例子突变实际上。 interdelta可以让你遵循酵母的父母,但可以是一些应变的变化"below detection"甚至这种方法。完全基因组测序是关于达到该水平的唯一方法,但仍然有点超出家用啤酒厂的实用。

Just my $0.02

Bryan
井说,布莱恩,这是亚博游戏平台网址值得远远超过0.02美元的有用信息! :马克杯:
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
关于其测序,我认为这是测序结束的问题,而不是真正的异因人群。但是,尽可能多的目的,它的测序无论如何都不会有所帮助。所以我丢弃了它并切换到interdelta pcr,直到我开始使用这种伤税,我不知道。

就个人而言,我认为Interdelta PCR在这里非常有帮助,而不是因为它揭示了共同的父母血统,但是因为它没有!似乎表明,从树屋中分离的酵母可以与传统上使用的其他任何其他(至少)NE IPA酵母的酵母不同。我觉得这很酷!

表型表征对我们的家庭器更重要,但我认为仍然很酷,并试图回答这些类型的问题。
 

Xerotime.

众所周知的成员
加入
2008年8月30日
消息
137
反应得分
2
地点
赤褐色
我忘了补充一点,朱利叶树孤立肯定是独一无二的,通过这个DNA指纹识别方法!

所以,这真的意味着我需要 更多的 酵母样本要分析,我正在寻找通过邮政服务邮寄样本的简单方法(只花费邮票!),如果有人有建议,并且有兴趣发送酵母,请让我知道!!
我真的很想看到Fermentis S-04和S-05的比较。如果你想告诉我你的地址,我只会订购一包,让他们发货给你。
 
op.
异构化

异构化

众所周知的成员
加入
2017年2月27日
消息
1,408
反应得分
865
我真的很想看到Fermentis S-04和S-05的比较。如果你想告诉我你的地址,我只会订购一包,让他们发货给你。
PM发送。我还拿到了T-58,S-23,W-34/70和Danstar Munich Dry Yeasts,看起来(6美元,包括所有4岁的运费,因为他们已经老了)。
 

5麦克风

众所周知的成员
加入
2016年8月1日
消息
191
反应得分
20
一如既往,我迟到了。我是Sui Generis Brewing的Bryan,这已经引用了一点。无论如何,有些回复了一些以前的帖子......




其序列89%同源性非常低;我通常会看到99-100%的酵母同源性。您是否修剪了序列以删除已解决不良的基地(通常是Chromatagram / Sequence文件中的“N”)?混合峰可能是污染的迹象,但假设有两个菌株和两个菌株是 S. Derevesea,它不重要,因为它的序列在物种之间很好地保守。不幸的是,它的尺寸也不是亚博游戏平台网址有用的措施,就像任何真核生物(包括你自己)都会产生〜800bp的乐队。作为Surgork已提及,您无法使用其与其他方法进行回复。三角洲是常态,但正如您已经经历过的那样,它需要与其他指纹数据库进行比较,以id为应变。



这是为什么甚至interdelta只有适度值的亚博游戏平台网址很好的例子。它不需要改变酵母的酯型或絮凝(并且因此衰减)特征,在那里有许多例子突变实际上。 interdelta可以让你遵循酵母的父母,但可以是一些应变的变化"below detection"甚至这种方法。完全基因组测序是关于达到该水平的唯一方法,但仍然有点超出家用啤酒厂的实用。

Just my $0.02

Bryan
单点突变可能是巨大的,只看Teosinte vs玉米,它只花了四个突变,但你不会识别与同一种类一样。同样的葡萄,人们做了一些测序,结果很多法国葡萄是兄弟姐妹。

我认为它有助于知道当您基本上具有产生不同口味的相同菌株与接近不同物种的菌株。
 

trav77

众所周知的成员
加入
2015年11月26日
消息
549
反应得分
169
地点
莱斯布里奇
单点突变可能是巨大的,只看Teosinte vs玉米,它只花了四个突变,但你不会识别与同一种类一样。同样的葡萄,人们做了一些测序,结果很多法国葡萄是兄弟姐妹。

我认为它有助于知道当您基本上具有产生不同口味的相同菌株与接近不同物种的菌株。
只有少数突变才能摆脱Teosinte的摇滚硬灌注,使其可食用。之后,人类有一种令人难以置信的de novo变异和选择,以达到现在的玉米。

但是,在某些情况下,单点突变可能是巨大的。
 

trav77

众所周知的成员
加入
2015年11月26日
消息
549
反应得分
169
地点
莱斯布里奇
有点迟到的游戏,但你有没有考虑做亚博游戏平台网址基因组宽的SNP指纹?这几天非常便宜。我没有用酵母做得很多,但它是亚博游戏平台网址模型生物,所以毫无疑问,那里有丰富的资源来做这种工作。这将让您进行系统发育分析,并将提供比PCR的少数基因座更好地表示相关性。只是我的2C。酷项目!
 

最新的帖子

最佳